Die Diagnose wird anhand des klinischen Bildes durch die Anamnese und die zahnärztliche Untersuchung gestellt.

Laborparameter 2. Ordnung – in Abhängigkeit von den Ergebnissen der Anamnese, körperlichen Untersuchung etc. – zur differentialdiagnostischen Abklärung

• Erregernachweis – Nachweis der Parodontitis-Markerkeime (Actinobacillus actinomycetemcomitans, Porphyromonas gingivalis, Prevotella intermedia, Bacteriodes forsythus, Treponema denticola)
• CRP (C-reaktives Protein), Tumor-Nekrose-Faktor-α und Interleukin-6
• Matrixmetalloproteinase-8 (MMP-8) – zur Vorhersage in Kombination mit den klinischen Parametern und der subgingivalen mikrobiologischen Analyse, ob die Parodontitis einen stabilen oder fortschreitenden Verlauf nimmt

Bakteriendiagnostik

• Mikrobiologische Analyse (Analyse der subgingivalen Bakterienbesiedlung): Bakterienkulturen, Morphologie der Mikroflora, Gram-Klassifikation
• Gensonden zur Bakterienbestimmung
• PCR-Reaktion (Polymerasekettenreaktion; molekularbiologisches Verfahren zur Bestimmung parodontalpathogene Mikroorganismen)
• Periotron-Messgerät – Untersuchung der Sulkusflüssigkeit bzw. Bestimmung der Sulkusfließrate 

Immunologische Untersuchungen

• Immunfloureszenzmikroskopie
• Enzyme-Linked-Immuno-Sorbent-Assay (ELISA-Test)
• Enzymtest
• Latexagglutinationstest
• Antikörpernachweis im Blut

Molekulargenetische Untersuchungen

• Genetische Marker (s. u.: DNS-Sondentests auf Parodontitis-Risiko; Interleukin-1-Gentest)