Bei einer Pyelonephritis wird in den meisten Fällen das Nierenbecken und die Niere durch Erreger aus der Blase über den Harnleiter aufsteigende Erreger infiziert (urogene Infektionsquelle).

Weitere – jedoch seltenere – Infektionswege sind

• Hämatogen – über das Blut, z. B. bei einer Sepsis – Blutvergiftung
• Lymphogen – über die Lymphwege

Mögliche Erreger einer Pyelonephritis sind

• Escherichia coli (E. coli) – in über 60 % der Fälle
• Proteus mirabilis
• Klebsiella spezies
• Pseudomonas spezies
• Serratia spezies
• Staphylococcus saprophyticus
• Enterobakter
• Weitere atypische Erreger, z. B. Ureaplasmen, Mykoplasmen

Biographische Ursachen

• Alter – Säuglinge, Kleinkinder und ältere Personen über 60 Jahre sind häufiger betroffen
• Anatomische Besonderheiten – beispielsweise Hufeisenniere, doppelte Harnleiteranlage, Zystennieren
• Schwangerschaft

Verhaltensbedingte Ursachen

• Sexuelle Aktivität – durch Geschlechtsverkehr können Bakterien in die Blase gelangen und eine Entzündung verursachen. Eine Miktion – Wasserlassen – nach dem Geschlechtsverkehr kann das Risiko vermindern, da hierdurch evtl. vorhandene Bakterien wieder ausgespült werden

Krankheitsbedingte Ursachen

• Diabetes mellitus
• Gicht
• Benigne Prostatahyperplasie (gutartige Prostatavergrößerung)
• Cystitis (Harnblasenentzündung)
• HIV-Erkrankung
• Sichelzellenerkrankung
• Immundefekt mit einhergehender Abwehrschwäche
• Chronische Darmentzündungen wie Colitis ulcerosa oder Morbus Crohn – können über den Blutweg (hämatogen) auch zu einer Pyelonephritis führen
• Tumorerkrankungen
• Plasmozytom  (Multiples Myelom) – bösartige Tumorerkrankung aus der Gruppe der Non-Hodgkin-Lymphome. Sein Ursprung liegt wie bei allen Lymphomen im lymphatischen Gewebe; viele (multiple) vom Knochenmark ausgehende Tumoren (Myelome)
• Harnröhrenstrikturen – Verengungen der Harnröhre
• Urolithiasis (Harnsteine)
• Neurogene Blasenentleerungsstörungen, z. B. aufgrund Multipler Sklerose oder Querschnittslähmung

Medikamente

• Kortikosteroide – führen bei längerer Anwendung zu einer Unterdrückung des Immunsystems
• Schmerzmittel, welche die Nieren schädigen können, wie z. B. Phenacetin
• Zytostatika (Substanzen, die das Zellwachstum bzw. die Zellteilung hemmen)
  

Strahlentherapie

• Diese kann zu einer Schwächung des Immunsystems führen

Weitere Ursachen

• Dauerkatheterversorgung
• Andere instrumentelle urologische Eingriffe, welche mit einer Keimverschleppung verbunden sein können