Bis zu 25 Prozent der Frauen haben innerhalb von sechs Monaten nach einer durchgemachten Harnwegsinfektion ein Rezidiv – d. h. Wiederauftreten – der Entzündung. Daher ist eine optimale antibiotische Therapie besonders wichtig, wenn Bakterien Auslöser der Entzündung sind. Antibiotika der ersten Wahl sind Trimethoprim, Trimethoprim-Sulfamethoxazol (=Co-Trimoxazol) oder auch Nitrofurantoin.

Des Weiteren kommen je nach Erregerspektrum folgende Medikamente zum Einsatz

• Chinolone – z. B. Norfloxacin, Ciprofloxacin oder Ofloxacin
• In der Schwangerschaft Amoxicillin, Nitrofurantoin oder Cephalosporine der 1. Generation

Meistens wird eine Einzeldosisbehandlung für die Therapie der akuten Cystitis empfohlen. Es können sich jedoch im Vergleich zu einer dreitägigen Behandlung häufiger Rezidive bilden. Weiterhin gelingt durch eine Einzeldosistherapie nicht eine ebenbürtig effektive Eliminierung von E. coli. Daher sollte einer dreitägigen antibiotischen Therapie der Vorzug gegeben werden. 

Bei einer Einmaldosis kann Fosfomycin angewendet werden, da dieses Medikament einen drei Tage lang anhaltenden Wirkstoffspiegel im Blut aufweist. Bei Patienten, die mehr als vier mal jährlich an einer Cystitis erkranken, empfiehlt sich eine Langzeitprophylaxe, beispielsweise durch Nitrofurantoin oder abgetötete E. coli-Fragmente.