Die Magnetresonanztomographie zählt zu den nicht invasiven, das heißt nicht in den Körper eindringenden, bildgebenden Verfahren.
Durch die Nutzung des Magnetfeldes werden im Körper Protonen (vor allem Wasserstoff) zur Kernspinresonanz angeregt. Dabei handelt es sich um eine Veränderung der Ausrichtung des Teilchens aufgrund eines Magnetfeldes. Dieses wird als Signal über die Spulen, die um den Körper während der Untersuchung aufgestellt sind, aufgefangen und an den Computer geschickt, der aus den vielen Messungen, die während einer Untersuchung ablaufen, das genaue Bild der Körperregion errechnet.
Bei diesen Bildern entstehen die Unterschiede in den Grautönen also durch die Verteilung der Wasserstoffionen.
Bei der MRT kann man verschiedene Aufnahmeverfahren unterscheiden, wie beispielsweise die T1- und T2-gewichteten Sequenzen.
Die MRT bietet eine sehr gute Darstellung von Weichteilstrukturen.
Bei der Angio-MRT wird dem Patienten bei der Untersuchung intravenös ein Kontrastmittel gespritzt.
So kann der Radiologe durch diese Untersuchung noch detailliertere Erkenntnisse über eventuell vorliegende Krankheitsprozesse im Bereich der Gefäße erhalten.

Die Untersuchung dauert meist etwa eine halbe Stunde und wird im Liegen durchgeführt. Man befindet sich bei der Untersuchung in einem abgeschlossenen Raum, in dem ein starkes Magnetfeld herrscht.
Da das MRT-Gerät relativ laut ist, werden dem Patienten Kopfhörer aufgesetzt.
Vor allem bei Untersuchungen des Kopfes kann es zur Klaustrophobie (Platzangst) kommen, da der Kopf dann in einer Spule liegt.