Klinisch unterscheidet man den linken und rechten Seitenlappen, die durch den rektal ("durch den Mastdarm“) tastbaren medialen ("mittleren") Sulcus (lat.: Zentralfurche) voneinander getrennt werden und den Mittellappen, der quasi die Hinterwand der prostatischen Harnröhre (Teil der Harnröhre, die durch die Prostata zieht) bildet und bei der benignen Prostatahyperplasie (BPH; gutartige Prostatavergrößerung) oftmals in die Blasen hineinreicht.

Aus pathophysiologischer Sicht ist heute die Einteilung nach Mc Neal gebräuchlich. Hier werden unterschieden:

• Periphere Zone (65 % des Prostatavolumens) → posterolateral ("hinten seitlich") und peripher von der Basis (blasennah) der Prostata bis zum Apex (beckenbodennah)
• Zentrale Zone (25 % des Prostatavolumens) → posterolateral an der Basis der Prostata
• Übergangszone (5-10 % des Prostatavolumens) → beidseits der prostatischen Harnröhre

Die benigne Prostatahyperplasie entsteht in der Übergangszone. Bei zunehmendem Wachstum dehnt sie die periphere Zone und drängt sie nach außen.

Die meisten Karzinome (circa 70 %) entstehen in der peripheren Zone.

Beidseits dorsolateral ("zum Rücken hin gelegen") der Prostata liegen die beiden neurovaskulären Bündel (Nerven-Gefäß-Bündel). In ihnen verlaufen Nerven und Blutgefäße für die Corpora cavernosa des Penis, sie sind unabdingbar zum Erhalt einer natürlichen Erektion. Ihre Durchtrennung im Rahmen einer radikalen Prostatektomie (chirurgischen Entfernung der ganzen Prostata mit ihrer Kapsel, den anliegenden Samenbläschen und den örtlichen Lymphknoten) führt in praktisch 100 % zum Erektionsverlust.

Durch neuere Operationsmethoden können die neurovaskulären Bündel, und somit zumindest bei einem Teil der Patienten die Potenz erhalten werden.