Penisschmerzen – Differentialdiagnosen
Herzkreislaufsystem (I00-I99)
- Hämorrhoiden, entzündete
 
Infektiöse und parasitäre Krankheiten (A00-B99)
- Bilharziose (Schistosomiasis) – durch Trematoden (Saugwürmer) der Gattung Schistosoma (Pärchenegel) verursachte Wurmkrankheit (tropische Infektionskrankheit)
 - Erysipel (Wundrose) – bakterielle Hautinfektion
 - Herpes simplex
 - Herpes zoster (Gürtelrose)
 - Tuberkulose der Harnwege
 
Mund, Ösophagus (Speiseröhre), Magen und Darm (K00-K67; K90-K93)
- Analfissur ‒ Einriss der Schleimhaut im Bereich des Anus
 
Neubildungen – Tumorerkrankungen (C00-D48)
- Anuskarzinom (Anuskrebs)
 - Harnblasenkarzinom (Blasenkrebs)
 - Peniskarzinom (Peniskrebs)
 - Prostatakarzinom (Prostatakrebs)
 - Rektumkarzinom (Mastdarmkrebs)
 
Urogenitalsystem (Nieren, Harnwege – Geschlechtsorgane) (N00-N99)
- Akute Urethritis (Harnröhrenentzündung)
 - Akute Zystitis (Harnblasenentzündung)
 - Balanitis (Eichelentzündung; allergisch, bakteriell, mykotisch)
 - Harnröhrenstriktur (Harnröhrenenge)
 - Harnstein, nicht näher bezeichnet (Lokalisation: Ureter/Harnleiter, Urethra/Harnröhre)
 - Hartes Frenulum
 - Induratio penis plastica (IPP, lat. induratio "Verhärtung", Synonym: Peyronie-Krankheit) – flächenhafte, vor allem am Penisrücken vorliegende Vermehrung von Bindegewebe (Plaques), mit einer zunehmenden Verhärtung des Penisschaftes; Erkrankung des Schwellkörpers (Corpus cavernosum): Narbengewebe (derbe Plaques), insbesondere im Bereich der Tunica albuginea (bindegewebige Hülle um die Schwellkörper), führt zur abnormen Penisverkrümmung mit Einziehungen und Schmerzen bei der Erektion.
 - Paraphimose ‒ Abschnürung bzw. Einklemmung der Glans penis durch eine Phimose (Vorhautverengung). Die Paraphimose stellt einen urologischen Notfall dar
 - Phimose (Vorhautverengung)
 - Priapismus – Erektion, die ohne sexuelle Stimulation > 4 h andauert; 95 % der Fälle ischämischer oder Low-flow-Priapismus (LFP), der sehr schmerzhaft ist; der LFP kann bereits nach 4 h zu irreversiblen Erektionsstörungen führen (absoluter Notfall); Therapie: Blutaspiration und evtl. intrakavernöser (i.c.)  Sympathomimetikainjektion; der "High-flow"-Priapismus (HFP) benötigt keine Sofortmaßnahmen.
Beachte: Ein Priapismus kann eine klinische Erstmanifestation einer Leukämie (Blutkrebs) sein!
 - Prostataabszess ‒ abgekapselte Eiteransammlung im Bereich der Vorsteherdrüse
 - Prostatitis (Prostataentzündung)
 - Tuberkulose (Schwindsucht) der Harnwege
 
Verletzungen, Vergiftungen und andere Folgen äußerer Ursachen (S00-T98)
- Fremdkörper, nicht näher bezeichnet
 - Verletzungen des Penis, nicht näher bezeichnet (z. B. gerissenes Frenulum/Vorhautbändchen; Penisfraktur/Einreißen der Schwellkörper des Penis)