Nachfolgend die Differentialdiagnosen getrennt nach primärer beziehungsweise sekundärer Amenorrhoe.

Primäre Amenorrhoe

• Adrenogenitales Syndrom – autosomal-rezessiv vererbte Stoffwechselkrankheit, die durch Störungen der Hormonsynthese in der Nebennierenrinde gekennzeichnet sind. Diese Störungen führen zu einem Mangel an Aldosteron und Cortisol.
• Hymenalatresie (fehlende Öffnung des Jungfernhäutchens)
• Kallmann-Syndrom – angeborenen Symptomkomplex aus Hypo- bzw. Anosmie (verminderter bis fehlender Geruchssinn) in Verbindung mit Hoden- bzw. Ovarialhypoplasie (Entwicklungsstörung der Hoden und Eierstöcke) bedingt durch einen hypogonadotropen Hypogonadismus (Unterfunktion der Keimdrüsen)
  
• Laurence-Moon-Biedl-Bardet-Syndrom − erblich bedingtes Syndrom mit einer Vielzahl von Fehlbildungen wie Innenohrschwerhörigkeit und Polydaktylie (Vermehrung der Finger oder Zehen)
• Leistungssport
  
• Mayer-von-Rokitanskiy-Küster-Hauser-Syndrom − angeborene Fehlbildung des weiblichen Genitals durch Hemmungsfehlbildung der Müller-Gänge im zweiten Embryonalmonat.
  Die Ovarialfunktion (Östrogen- und Gestagensynthese) ist nicht gestört, was die normale Entwicklung der sekundären Geschlechtsmerkmale erlaubt.
• Ovarielle Hypoplasie − Minderentwicklung der Eierstöcke aufgrund verschiedener Erkrankungen wie dem Ullrich-Turner-Syndrom (Gonadendysgenesie)
• Scheidenaplasie − embryonal nicht angelegte Vagina

Sekundäre Amenorrhoe

• Adipositas (Übergewicht)
• Anorexia nervosa (Magersucht)
• Asherman-Syndrom − Verlust des Endometriums (Gebärmutterschleimhaut) durch schwere Entzündungen oder Traumata
• Entzündungen im Bereich des Hypothalamus
• Hämochromatose (Eisenspeicherkrankheit, englisch: hematochromatosis; von griech. haima = Blut, chroma = Farbe) – autosomal-rezessive Erbkrankheit; Männer sind wesentlich häufiger betroffen als Frauen. Bei der Erkrankung kommt es zu einer erhöhten Resorption (Aufnahme) von Eisen im oberen Dünndarm.
• Hyperandrogenämie (Erhöhung der männlichen Geschlechtshormone im Blut)
• Hyperprolaktinämie (Erhöhung des Prolaktinspiegels im Blut)
• Hypophysentumoren (Tumoren der Hirnanhangdrüse)
• Hypothalamustumoren (Tumoren des Zwischenhirns)
• Klimawechsel
  
• Leistungssport
• Polyzystisches-Ovar-Syndrom (PCO-Syndrom) − Zystenbildung im Ovar, die zu einer gestörten hormonellen Funktion führt
• Post-Pill-Amenorrhoe − Ausbleiben der Menstruation nach Beendigung der Einnahme von Kontrazeptiva (Empfängnisverhütungsmittel)
• Psychogene Reaktion wie beispielsweise nach schweren persönlichen oder sonstigen Katastrophen
• Ovarialtumore (Eierstocktumore)
• Sheehan-Syndrom − erworbene Hypophysenvorderlappeninsuffizienz (nicht ausreichende Hormonproduktion des Vorderlappens der Hirnanhangdrüse)
• Vorzeitige Ovarialinsuffizienz − Erschöpfung der Eierstockfunktion mit fortschreitender Follikelatresie (Nicht-Anlage von Follikeln)

Weiterhin kann es in der Phase der Präpubertät, der Gravidität (Schwangerschaft), der Laktationsperiode (Stillperiode) und der Postmenopause (Zeit nach den Wechseljahren) zur Amenorrhoe kommen.