Bei der rheumatoiden Arthritis kommt es zur Einwanderung von Entzündungszellen – Makrophagen und T-Lymphozyten – in die Synovialmembran – Innenhaut der Gelenkkapsel – und zur Freisetzung proinflammatorischer – entzündungsfördernder – Zytokine wie Interleukin-1b und TNF-α – Tumornekrosefaktor alpha –, die maßgeblich zur Gelenkdestruktion beitragen.

Es ist wissenschaftlich noch nicht eindeutig geklärt, welche Ursachen für diesen chronisch entzündlichen Prozess verantwortlich sind. Es wird angenommen, dass es sich eventuell um eine Autoimmunerkrankung handelt. In einigen Fällen kann eine genetische Prädisposition (Veranlagung) mit HLA-DR4-Expression nachgewiesen werden.

Man vermutet auch, dass es sich bei der rheumatoiden Arthritis um eine Reaktion des Körpers auf die Infektion mit einem noch nicht identifizierten Erreger handelt – es werden Mykoplasmen, Ebstein-Barr-Virus, Zytomegalievirus, Parvovirus und Rubellavirus verdächtigt.
Da die rheumatoide Arthritis auf der ganzen Welt auftritt wurde die Hypothese aufgestellt, dass der infektiöse Erreger ebenfalls weltweit vorhanden sein müsste.