Je nach der zugrunde liegenden Ursache kann eine medikamentöse Therapie der Dyspareunie angebracht sein.
Bei Infektionen beispielsweise werden Antibiotika – Medikamente gegen bakterielle Infektionen – oder Antimykotika – Medikamente gegen Pilzinfektionen – eingesetzt.

Bei hormonellen Störungen kann eine Hormontherapie durchgeführt werden; bei einer Vaginalatrophie (Östrogen-bedingte Minderversorgung der Scheidenschleimhaut) wird therapeutisch eine Östrogen-haltige Creme lokal (örtlich) angewendet. Vorzugsweise enthält diese Creme Östriol, ein Östrogen das keinen stimulierenden Einfluss auf das Endometrium (Gebärmutterschleimhaut) hat.