Im Folgenden die wichtigsten Erkrankungen bzw. Komplikationen, die durch Morbus Whipple mit bedingt sein können:

Augen und Augenanhangsgebilde (H00-H59)

• Uveitis ‒ Entzündung der mittleren Augenhaut, die aus der Aderhaut (Choroidea), dem Strahlenkörper (Corpus ciliare) und der Regenbogenhaut (Iris) besteht

Herzkreislaufsystem (I00-I99)

• Endokarditis (Herzinnenhautentzündung; zweithäufigste Lokalisation)
• Myokarditis (Herzmuskelentzündung)
• Perikarditis (Herzbeutelentzündung) mit Herzklappeninsuffizienz

Muskel-Skelett-System und Bindegewebe (M00-M99)

• Polyarthritis (Entzündung mehrerer Gelenke)
• Synovialitis (Gelenkinnenhautentzündung)

Psyche – Nervensystem (F00-F99; G00-G99)

• Amnesie (Gedächtnisverlust)
  
• Ataxie (Gangstörungen)
• Blicklähmung
• Demenz
• Epilepsie (Krampfanfälle)
• Gestörter Schlaf-Wach-Rhythmus

Symptome und abnorme klinische und Laborbefunde, die anderenorts nicht klassifiziert sind (R00-R99)

• Pleuritis (Rippenfellentzündung)