Die Behandlung muss mindestens vier Wochen durchgeführt werden, da sonst die Gefahr eines Rezidivs bzw. chronischen bakteriellen Prostatitis besteht. Bei schmerzhaftem Stuhlgang können zusätzlich Abführmittel verordnet werden.

Die Therapie der chronisch bakteriellen Prostatitis ist schwieriger, da die Antibiotika weniger gut in die Prostata vordringen können. Der niedrige pH-Wert im Gewebe verhindert die Passage der meisten Medikamente. Fluorchinolone wie Ciprofloxacin oder Ofloxacin sind erfolgreicher als andere Antibiotika, es muss jedoch eine antibiotische Langzeitbehandlung über mindestens drei bis sechs Monate erfolgen.

Zusätzlich bewährt bei der Therapie der abakteriellen Prostatitis und der Prostatodynie haben sich Alpha-Blocker, nicht steroidale Antiphlogistika, Amitriptylin und Lioresal.