Eine umfassende klinische Untersuchung ist die Grundlage für die Auswahl der weiteren diagnostischen Schritte:

• Allgemeine körperliche Untersuchung – inklusive Blutdruck, Puls, Körpergewicht, Körpergröße; des Weiteren:
  
  • Inspektion (Betrachtung)
    • Haut und Schleimhäute
    • Bauchdecke und der Inguinalregion (Leistenbereich) [in seltenen Fällen: z. B. Endometriosherde am Bauchnabel]
• Gynäkologische Untersuchung
  
  • Inspektion
    • Vulva (äußere, primäre Geschlechtsorgane der Frau)
    • Vagina (Scheide) [in seltenen Fällen Nachweis von Endometrioseherden]
    • Cervix uteri (Gebärmutterhals) bzw. Portio (Muttermund; Übergang vom Gebärmutterhals (Cervix uteri) in die Vagina (Scheide)), ggf. Entnahme eines Pap-Abstriches (zur Früherkennung von Gebärmutterhalskrebs)
  • Palpation (bimanuell; Tastuntersuchung mit beiden Händen) der inneren Genitalorgane:
    
    • Cervix uteri (Gebärmutterhals)
    • Uterus (Gebärmutter) [Normal: anteflektiert/nach vorne abgewinkelt, normalgroß, kein Druckschmerz]
    • Adnexe (Anhangsgebilde des Uterus, d. h. das Ovar (Eierstock) und die Tuba uterina (Eileiter)) [Normal: frei; häufig Nachweis von Zysten/Schokoladenzyste]
    • Parametrien (Beckenbindegewebe vor dem Gebärmutterhals bis zur Harnblase und beiderseits bis zur seitlichen Beckenwand) [Normal: frei; in seltenen Fällen Endometrioseherde, besonders im hinteren Scheidengewölbe, bzw. der hinteren Scheidenwand bei Befall des Septum rectovaginale/dünne bindegewebige Trennwand (Septum) zwischen der Scheide (Vagina) und dem Mastdarm (Rektum)) und den darin anschließenden pararektalen ("um den Mastdarm herum") Raum mit dem Rektum (Mastdarm")]
    • Beckenwände [Normal: frei]
    • Douglas-Raum (taschenförmige Aussackung des Peritoneums (Bauchfell) zwischen Rektum (Mastdarm) hinten und Uterus (Gebärmutter) vorne) [Normal: frei; hier häufig Endometrioseherde, die als Knötchen imponieren]
    • Digital rektale Untersuchung (DRU): Untersuchung des Rektums (Mastdarm) und der angrenzenden Organe mit dem Finger per Palpation [selten Nachweis von Endometrioseherden im Rektum/Mastdarm]
• Gesundheitscheck
  

In eckigen Klammern [ ] wird auf mögliche pathologische (krankhafte) körperliche Befunde hingewiesen.