Folgende Symptome und Beschwerden können auf die japanische Enzephalitis hinweisen:

• Milde grippeartige Erkrankung ‒ in den meisten Fällen

Meningoenzephalitis* (Häufigkeit: 1 von 250 Infektionen)

• In circa jedem 250. Infektionsfall
• Hohes Fieber, in der Regel 10 Tage
• Allgemeines Krankheitsgefühl
• Cephalgie (Kopfschmerzen)
• Nausea (Übelkeit)/Erbrechen
• Bewusstseinsstörungen
• Krampfanfälle
• Reflexstörungen
• Verwirrtheit
• Verhaltensveränderungen
• Tremor (Zittern)
• Paresen (motorische Lähmungen)
• Gangstörungen
• Koma

*Kombinierte Entzündung des Gehirns (Enzephalitis) und der Hirnhäute (Meningitis)

Die Letalität (Sterblichkeit bezogen auf die Gesamtzahl der an der Krankheit Erkrankten) bei ZNS-Beteiligung beträgt 30-35 %.
Kinder und Ältere erkranken häufiger schwerer.