Die intestinale Fruktoseintoleranz ist eine Störung des Fruktosestoffwechsels und kann in ihrem Auftreten sowohl vorübergehend als auch lebenslang sein.

Bei einigen Patienten ist die Stoffwechselstörung angeboren, bei anderen wiederum durch eine gestörte Darmflora infolge chronischer Belastungen – langfristig falsche Ernährung, Umweltbelastungen, -gifte, Dauerstress, langfristige Einnahme von Medikamenten – erworben worden sein. Ein Mangel an beziehungsweise Aktivitätsverlust von Fruktose spaltenden Enzymen kann ebenfalls die Ursache einer Fruktosemalabsorption sein. In der Folge wird das Transportsystem im Dünndarm und damit die Resorption des Fruchtzuckers gestört, indem Fruktose nicht mehr durch den Dünndarm in die Blut- und Lymphbahnen transportiert werden kann.