Herzkreislaufsystem (I00-I99) 

• Rupturiertes Aortenaneurysma (Aussackung der Hauptschlagader, die gerissen ist) – meist linkseitige Ruptur mit Dauerschmerz (Vernichtungsschmerz) und Kollapsneigung; mögliche weitere Symptome: diffuse Abdominal- und Rückenschmerzen, ein schlecht tastbarer, unterschiedlich starker Inguinalpuls und Schwindelgefühl (ältere Patienten)

Leber, Gallenblase und Gallenwege – Pankreas (Bauchspeicheldrüse) (K70-K77; K80-K87)

• Cholelithiasis (Gallensteine; Geschlechterverhältnis: Männer zu Frauen beträgt 1 : 2-3)
• Cholezystitis (Gallenblasenentzündung)
• Pankreatitis (Bauchspeicheldrüsenentzündung, akute

Mund, Ösophagus (Speiseröhre), Magen und Darm (K00-K67; K90-K93)

• Appendicitis (Blinddarmentzündung; Alter 10-30 Jahre)
• Divertikelkrankheit/Divertikulitis – Erkrankung des Dickdarmes, bei der sich in Ausstülpungen der Schleimhaut eine Entzündung bildet
• Ileus (Darmverschluss)
• Reizdarmsyndrom (Colon irritable)

Muskel-Skelett-System und Bindegewebe (M00-M99)

• Facettensyndrom (Synonym: Facettengelenksyndrom) – pseudoradikuläre Schmerzsymptomatik (Schmerzen, bei der der Nerv selbst nicht in seiner Funktion beeinträchtigt ist), die meist durch eine chronische Reizung der sogenannten Facettengelenke (Zygapophysealgelenke; Zwischenwirbelgelenke: kleine, paarige Gelenke, die zwischen den Gelenkfortsätzen (Processus articularis) benachbarter Wirbel bestehen und die Beweglichkeit der Wirbelsäule sichern) bedingt ist. 
• Muskel- und Skelettschmerzen vom Niveau Th 10-12

Neubildungen – Tumorerkrankungen (C00-D48)

• Harnblasenkarzinom (Blasenkrebs; Harnabflussstörungen)
• Hodenkarzinom (Hodenkrebs; retroperitonealer Metastasierung)
• Hypernephrom (Nierenzellkarzinom)
• Phäochromozytom – neuroendokriner (das Nervensystem betreffende) Katecholamin-produzierender Tumor der chromaffinen Zellen des Nebennierenmarks (85 % der Fälle) oder der sympathischen Ganglien (Nervenstrang, der im thorakalen (Brustbereich) und abdominalen (Bauchbereich) entlang der Wirbelsäule verläuft) (15 % der Fälle)
• Prostatakarzinom (Prostatakrebs; Lymphknoten, die die Harnleiter obstruieren)

Schwangerschaft, Geburt und Wochenbett (O00-O99)

• Extrauteringravidität – Einnistung der befruchteten Eizelle außerhalb der Gebärmutter (Uterus) wie beispielsweise: Tubargravidität (Eileiterschwangerschaft), Ovarialgravidität (Schwangerschaft im Eierstock), Peritonealgravidität/Abdominalgravidität (Bauchhöhlenschwangerschaft) oder Cervixgravidität (eine Schwangerschaft im Gebärmutterhals)
• Schwangerschaft – bei ca. 3 % aller Schwangeren entstehen akute Flankenschmerzen; am häufigsten sind obere Harnwegsinfekte (Pyelonephritis)

Psyche – Nervensystem (F00-F99; G00-G99)

• Neuralgie (Nervenschmerz), akute segmentale

Urogenitalsystem (Nieren, Harnwege – Geschlechtsorgane) (N00-N99)

• Dysmenorrhoe (Regelschmerzen)
• Glomerulonephritis – Nierenerkrankung, die mit einer Entzündung der Nierenkörperchen (Glomerulum, Mehrzahl Glomeruli oder Glomerula, Corpuscula renales) in der Niere einher geht
• Harnwegsinfekt (HWI)
• Hydronephrose – Erweiterung des Nierenbeckens und/oder der Nierenkelche oder auch des Harnleiters durch eine Abflussstörung im Bereich der ableitenden Harnwege, die mittel- und langfristig zu einer Zerstörung des Nierengewebes führt.
• Nephrolithiasis (Nierensteine)
• Niereninfarkt – Verschluss einer Nierenarterie und dadurch bedingt Untergang von Nierengewebe (selten)
• Ovarialzyste (Eierstockzyste), stielgedrehte
• Ovulationsschmerzen (Schmerzen durch den Eisprung)
• Pyelonephritis (Nierenbeckenentzündung; obere Harnwegsinfektion (HWI))
• Urolithiasis (Harnsteine; 30-60 Jahre)
• Zystische Nierenkrankheit

Sämtliche Diagnosen, die Abdominalschmerzen erklären können, gehören ebenfalls zu den wichtigen Differentialdiagnosen des Flankenschmerz.