Sind die medikamentösen Therapiemaßnahmen nicht ausreichend, wird unter Umständen eine Proktokolektomie notwendig. Dies bedeutet, dass der gesamte Dickdarm entfernt wird und ein Teil des Dünndarmes zum Enddarm umfunktioniert wird. Anschließend wird der Dünndarm an den Schließmuskel angeschlossen, was eine normale Stuhlentleerung ermöglicht.

Da die Colitis ulcerosa nur den Dickdarm betrifft, ist mit Entfernung des Dickdarmes somit eine Heilung möglich.