Eine umfassende klinische Untersuchung ist die Grundlage für die Auswahl der weiteren diagnostischen Schritte:

• Allgemeine körperliche Untersuchung – inklusive Blutdruck, Puls, Körpergewicht, Körpergröße; des Weiteren:
  
  • Inspektion (Betrachtung)
    • Haut und Schleimhäute [siehe Differentialdiagnosen, z. B.:
      
      • Furunkel ‒ eitrige Entzündung von Haarfollikeln oder Talgdrüsen
      • Herpes genitalis – chronische, lebenslang persistierende Viruserkrankung, die in den meisten Fällen durch eine Primärinfektion mit dem Herpes simplex-Virus (HSV) Typ 2 entsteht, manchmal auch durch den Herpes-simplex-Virus (HSV) Typ 1 (in ca. 30 % der Fälle)
      • Herpes zoster (Gürtelrose)
      • Infizierte Epidermiszyste ‒ von den Haarfollikeln ausgehende, mehrere Millimeter bis zwei Zentimeter große, prallelastische, hautfarbene Zysten, die langsam wachsen und sich infizieren können
  • Inspektion und Palpation des Genitales (Penis und Skrotum (Hodensack); Beurteilung der Pubesbehaarung (Schamhaare), der Penislänge (im erschlafften Zustand zwischen 7-10 cm) sowie der Hodenlage und -größe (ggf. mittels Orchimeter)) [Siehe unter Differentialdiagnosen:
    
    • Balanitis (Eichelentzündung), mykotische ("pilzbedingte") oder bakterielle]
  • Inspektion und Palpation (Abtasten) des Abdomens (Bauch), der Inguinalregion (Leistenregion) etc. (Druckschmerz?, Klopfschmerz?, Loslassschmerz?, Hustenschmerz?, Abwehrspannung?, Bruchpforten?, Nierenlagerklopfschmerz?)
  • Digital rektale Untersuchung (DRU): Untersuchung des Rektums (Mastdarm) und der angrenzenden Organe mit dem Finger per Palpation (Beurteilung der Prostata in Größe, Form und Konsistenz, ggf. Nachweis von Indurationen (Gewebeverhärtungen))
• Krebsvorsorge
• Urologische Untersuchung

In eckigen Klammern [ ] wird auf mögliche pathologische (krankhafte) körperliche Befunde hingewiesen.