Eine akute Pharyngitis wird meist durch Viren ausgelöst, meist Influenza-, Parainfluenza- oder Adenoviren. Auch Herpes-, Coxsackie-, ECHO-, Masern- und Rötelnviren können eine Pharyngitis auslösen.

Die akute bakterielle Pharyngitis wird meist durch beta-hämolysierende Streptokokken der Gruppe A hervorgerufen.

Eine chronische Pharyngitis kann durch unterschiedliche äußere Einflüsse verursacht werden. Die wichtigsten sind chemische Noxen (Gifte) wie Rauchen und Alkohol. Aber auch verschiedene Grunderkrankungen erhöhen das Risiko einer chronischen Pharyngitis. Dazu zählen unter anderem Diabetes mellitus oder Hypothyreose (Schilddrüsenunterfunktion).